La primera parte describe cómo Dante se halla perdido en un bosque oscuro en su mediana edad y entra en una cueva al pie del monte Sion, cerca de Jerusalén. Tres animales alegóricos le salen al paso: una pantera, una loba y un león. Estos animales representan los pecados que pueden atacar a Dante. La pantera representa la lujuria y la ciudad de Florencia que lo ha exiliado. La loba es, según los comentaristas, el pecado de la codicia, y más allá de esto el poder temporal del Papa en Roma. El león representa la soberbia, y el poder de Francia, que pretendía dominar Italia.


Después se narra el descenso del autor al infierno, acompañado por el poeta latino Virgilio, autor de la Eneida, a quien Dante admiraba y que, en la Edad Media, tenía una curiosa fama de mago, particularmente en Nápoles. Acompañado por su maestro y guía, desciende al infierno, que tiene forma de cono con la punta hacia abajo y que, como indica Agnelli en la obra, se indican diez giros a la izquierda, infiriendo que cada uno es de 36°, formando así una circunferencia completa al final. En el infierno, los poetas se encontrarán con los que están siendo sometidos a castigo, según la gravedad de los pecados cometidos en vida. En las puertas, se advierte: "Lasciate ogni speranza, voi ch'entrate" / "Quien entre aquí, abandone toda esperanza".

El primer círculo corresponde al limbo, donde se encuentran las almas inocentes de los que obraron bien, pero desconocieron el mensaje de Jesucristo porque nacieron antes que él. Esas almas no sufren, pero no pueden participar del Paraíso. Allí se encuentra un grupo de cinco grandes poetas, entre los cuales Virgilio es aceptado como el sexto.

Dante encuentra en el infierno a muchos personajes antiguos pero también de su época (muchos de ellos, enemigos de Dante o que colaboraron en su destierro), y cada uno de ellos narra su historia brevemente a cambio de que Dante prometa mantener vivo su recuerdo en el mundo; cada castigo se ajusta a la naturaleza de su falta (contrapasso) y se repite eternamente. Jorge Luis Borges cita como los mejores pasajes la historia de Paolo y Francesca, amantes adúlteros que se conocieron al leer en el libro de Lanzarote los amores de la reina Ginebra y Lanzarote, que fue motivo de inspiración y homenaje por poetas románticos y contemporáneos, así como la historia del conde Ugolino da Pisa, que se comió a sus propios hijos, y del último viaje de Ulises.


Son también impresionantes el tránsito por el bosque de los suicidas, la travesía del desierto donde llueve el fuego, donde Dante se encuentra a su maestro Brunetto Latini, y la llanura de hielo de los traidores, considerados los peores pecadores entre todos. En el último círculo "judesco", el Canto trigésimo cuarto, Dante se encuentra en la cuarta zona del noveno círculo, en el hielo del Cocito, donde son castigados los traidores de los benefactores, durante la noche del 9 de abril de 1300 (Sábado Santo), o, según otros comentadores, del 26 de marzo de 1300. Los traidores están sumergidos en hielo y, al llorar, las lágrimas les cortan los ojos. Se describe a Lucifer como un demonio de tres cabezas; dentro de su boca principal se hallaba Judas, al cual mordía con sus filosos colmillos como un juguete, mientras éste gritaba de dolor; en las otras, mordía a los asesinos de Julio César, Marco Junio Bruto y Casio.

Agarrados al pelaje de Lucifer van descendiendo pero, de repente, se encuentran subiendo, porque han pasado el centro de la Tierra y se encaminan a las antípodas. Allí vuelven a ver las estrellas.

En esta segunda parte, Dante y Virgilio atraviesan el Purgatorio, una montaña de cumbre plana y laderas escalonadas y redondas, simétricamente al infierno. En cada repisa o escalón se redime un pecado, pero los que allí habitan están contentos porque poseen esperanza y saben que su pena es finita y acabará. Dante se va purificando de sus pecados en cada nivel porque un ángel en cada uno le va borrando una letra de una escritura que le han puesto encima. Allí encuentra a famosos poetas, entre ellos a Publio Papinio Estacio, autor de la Tebaida.


Esta parte comienza propiamente con la salida del infierno a través de la natural burella. Dante y Virgilio llegan así al hemisferio sur terrestre (que se creía por completo bajo las aguas), donde en medio de ellas se halla la montaña del Purgatorio, creada con la tierra utilizada para crear el abismo del Infierno, cuando Lucifer fue expulsado del Paraíso tras rebelarse contra Dios. Tras salir del túnel llegan a una playa, donde encuentran a Catón el Joven, que se desempeña como guardián del Purgatorio.

Teniendo que emprender el ascenso de la empinada montaña, que resulta imposible escalar, es tan empinada que Dante tiene que preguntar a algunas almas cuál es el pasaje más cercano; éstos pertenecen al grupo de los negligentes, los muertos en estado de excomunión, que viven en el Ante-purgatorio. Un personaje notable de este lugar es Manfredo de Sicilia. Junto a los que por pereza tardaron en arrepentirse, los muertos violentamente y a los principios negligentes, de hecho, esperan el tiempo de purificación necesario para poder acceder al Purgatorio propiamente dicho. En la entrada del valle donde se encuentran los principios negligentes, Dante, siguiendo las indicaciones de Virgilio, pide indicaciones a un alma que resulta ser el guardián del valle, un compatriota de Virgilio, Sordello, que será su guía hasta la puerta del Purgatorio.

El Purgatorio se divide en siete cornisas, donde las almas expían sus pecados para purificarse antes de entrar al Paraíso. Al contrario del infierno, donde los pecados se agravan a medida que se avanza en los círculos, en el Purgatorio la base de la montaña, es decir la cornisa I, alberga a quienes padecen las culpas más graves, mientras que en la cumbre, cerca del Edén, se encuentran los pecadores menos culpables. Las almas no son castigadas para siempre, ni por una sola culpa, como en el primer reino, pero expían una pena equivalente a los pecados durante la vida.


En la séptima cornisa, los tres tienen que atravesar un muro de fuego, tras la cual hay una escalera, por la que se entra al Paraíso terrestre. Dante se muestra asustado y es confortado por Virgilio. Allí, donde vivieron Adán y Eva prima del pecado, Virgilio y Dante tienen que despedirse, porque el poeta latino no es digno de conducirlo en el Paraíso. Pero Beatriz sí.

Aquí Dante se encuentra con Santa Matilde, la personificación de la felicidad perfecta, precedente al pecado original, que le muestra los dos ríos, Lete, que hace olvidar los pecados, y Eunoe, que devuelve la memoria del bien realizado, y se ofrece a reunirlo con Beatriz, que pronto llegará. Beatriz le llama severamente la atención a Dante y después le propone verla sin el velo. El poeta, por su parte, busca a su maestro Virgilio, que ya no se encuentra con él. Tras beber las aguas del Lete y del Eunoe, que hacen olvidar las cosas malas y recordar las buenas, el poeta sigue a Beatriz hacia el tercer y último reino, el del Paraíso.

El Paraíso está compuesto por nueve círculos concéntricos correspondientes a los nueve órdenes angélicos de la Jerarquía celestial / Περὶ τῆς οὐρανίου ἱεραρχίας, obra compuesta por Pseudo Dionisio Areopagita (ángeles, arcángeles, principados, potestades, virtudes, dominaciones, tronos, querubines y serafines), en cuyo centro se encuentra la Tierra. En cada uno de estos cielos, en donde se encuentra cada uno de los planetas, se encuentran los beatos, más cercanos a Dios en función de su grado de beatitud. Pero las almas del Paraíso no están mejor unas que otras y ninguna desea encontrarse en mejores condiciones que las que le corresponden, pues la caridad no permite desear más que lo que se tiene (II, 70-87). De hecho, a cada alma al nacer Dios le dio cierta cantidad de gracia según criterios insondables, en función de los cuales gozan aquellas de los diferentes grados de beatitud. Antes de llegar al primer cielo el poeta y Beatriz atraviesan la Esfera de fuego.


En el primer cielo, que es el de la Luna, se encuentran quienes no cumplieron con sus promesas (Angeli), como la madre de Federico II, Constanza I de Sicilia. En el segundo, el de Mercurio, residen quienes hicieron el bien para obtener gloria y fama, pero no dirigiéndose al bien divino (Arcangeli). En el tercero, de Venus, se encuentran las almas de los "espíritus amantes" (Principati). En el cuarto, del Sol, los "espíritus sabios" (Potestà). En el quinto, de Marte, los "espíritus militantes" de los combatientes por la fe (Virtù). En el sexto, de Júpiter, los "espíritus gobernantes justos" (Dominazioni).

En el séptimo cielo, de Saturno, de los "espíritus contemplativos" (Troni), Beatriz deja de sonreír, como lo había hecho hasta entonces. Desde ese punto en adelante su sonrisa desaparece, pues por la cercanía de Dios su luminosidad resultaría imposible de contemplar. En este último cielo residen los "espíritus contemplativos". Desde allí Beatriz eleva a Dante hasta el cielo de las estrellas fijas, donde no están más repartidos los beatos, sino las "almas triunfantes", que cantan en honor a Cristo y María, a quien Dante alcanza a ver.

Desde ese cielo, además, el poeta observa el mundo debajo de sí, los siete planetas, sus movimientos y la Tierra, muy pequeña e insignificante en comparación con la grandeza de Dios (Cherubini). Antes de continuar, Dante debe sostener una especie de "examen" de las tres virtudes teologales: Fe, Esperanza y Caridad, por parte de tres profesores particulares: San Pedro, Santiago y San Juan. Por lo tanto, después de un último vistazo al planeta, Dante y Beatriz ascienden al cielo, el Primo Mobile o Cristallino, el cielo más externo, origen del movimiento y del tiempo universal (Serafini).


En este lugar, tras levantar la mirada, Dante ve un punto muy luminoso, rodeado por nueve círculos de fuego, girando alrededor de ella; el punto, explica Beatriz, es Dios, y a su alrededor se mueven los nueve coros angelicales, divididos por cantidad de virtud. Superado el último cielo, los dos ascienden al Empíreo, donde se encuentra la "rosa de los beatos", una estructura en forma de anfiteatro, en el cual, sobre la grada más alta está la Virgen María. Aquí, en la inmensa multitud de los beatos, están los más grandes de los santos y las figuras más importantes de la Biblia, como San Agustín, San Benito de Nursia, San Francisco, y también Eva, Raquel, Sara y Rebeca. Cada alma es un pétalo de esa rosa.

Desde aquí Dante observa finalmente la luz de Dios, gracias a la intervención de María a la cual San Bernardo (guía de Dante de la última parte del viaje) había pedido ayuda para que Dante pudiese ver a Dios y sostener la visión de lo divino, penetrándola con la mirada hasta que se une con Él, viendo así la perfecta unión de toda la realidad, la explicación de toda la grandeza. En el punto más central de esa gran luz Dante ve tres círculos, las tres personas de la Trinidad, el segundo del cual tiene imagen humana, signo de la naturaleza humana y divina al mismo tiempo, de Cristo. Cuando trata de penetrar aún más el misterio su intelecto flaquea, pero en un excessus menti su alma es tomada por la iluminación, la armonía que da la visión de Dios, en el canto XXXIII (145), del amor que mueve el sol y las otras estrellas (L'amor che move el sole e l'altre stelle). Por la grandiosa luz del último cielo, Dante queda ofuscado, concluyendo así la Divina comedia.